João Paulo Fernandes nasceu em 1977 na cidade de Caldas da Rainha. É Licenciado em Formação Musical pela ESMAE, com Profissionalização realizada na Universidade Aberta e pós-graduação em Ópera e Estudos Músico-Teatrais, na vertente de Direcção de Orquestra, obtida na ESMAE.
Dedica-se à Direção desde 1997, frequentando cursos de direcção de orquestra desde 1999 com maestros conceituados como George Hurst, Robert Houlihan, Rodolfo Saglimbeni, Denise Ham, Jorma Panula e Baldur Brönnimann.
Estudou no curso de Direção de Orquestra na ESMAE com o Maestro António Saiote, durante 4 anos, tendo sido convidado para maestro-assistente dessa Orquestra no ano de 2008/2009.
Desde 2004 é o Diretor Artístico da Banda Sinfónica da Filarmónica União Taveirense, vencedora do 1º Concurso Nacional de Bandas Filarmónicas – Cidade de Aveiro, com a qual grava os CD’s FUT – Suite e FUT – 150. Foi Diretor Artístico do Ensemble de Trombones e Tuba – Mr SC & The Wild Bones Gang, com o qual gravou CD duplo, tendo também as melhores críticas a nível nacional e internacional, da qual se destacam os nomes de Roger Bobo e Christian Lindberg. Foi ainda Maestro titular e fundador da Orquestra Académica Médio Tejo, distinguida com o prémio Cultura do Jornal Novo Almourol.
É Diretor Artístico da SFO – Sociedade Filarmónica Ouriense, desde Setembro de 2019. Em Ópera dirigiu: Hansel und Gretel; L’enfant et les sortilèges e A Flauta Mágica. Dirigiu também a ONP – Orquestra Nacional do Porto em 2010 no concerto “Os Maestros do Futuro”. Ministrou diversos cursos de Direcção em estágios de orquestra de sopros como professor convidado e professor assistente do Maestro Robert Houlihan.
Fernandes atualmente é professor de Formação Musical e Orquestra no Conservatório de Música do Choral Phydellius em Torres Novas e na Escola de Música e Artes de Ourém (OUREARTE).