Nascida no Canadá, Patricia Gagnon estudou no Conservatório de sua cidade natal, antes de ser admitida na Universidade McGill em Montreal, onde concluiu a sua licenciatura em Interpretação, em 1990.
Gagnon prosseguiu a sua carreira na Suíça, onde concluiu o seu mestrado em 1992 no Conservatório de Lausanne.
O seu percurso iniciou-se no Early Music Studio de Montreal e no conjunto Arion. O contacto que estabeleceu com Anner Bylsma no Lamèque Baroque Music Festival, no Canadá, foi decisivo para o resto de sua carreira.
A partir de 1991, na Europa, foi membro fundadora do ensemble Café Zimmermann (Céline Frisch e Pablo Valetti) de 2000 a 2019, depois do ensemble 415 (Chiara Banchini) de 2004 até a dissolução do grupo em 2011. É atualmente membro do Ensemble Pulcinella (Ophélie Gaillard) desde a sua fundação.
Mantendo sempre o espírito da interpretação historicamente informada, fundou, juntamente com os seus colegas do Café Zimmermann em 2003 o quarteto Rincontro, tendo tocado e gravado repertório pré-clássico e clássico até 2016.
Presentemente, colabora regularmente em projetos com vários ensembles como Les Arts Florissants, Le Concert des Nations (Jordi Savall), Le Banquet Céleste (Damien Guillon), Les Accents (Thibault Noally), Il Convito (Maude Gratton), bem como o Academia Byzantina (Ottavio Dantone).
É membro do Les Musiciens du Prince – Monaco (Cecilia Bartoli), desde a sua criação em 2007, e tem vindo a atuar nos maiores palcos europeus. Para alargar horizontes e desenvolver o seu conhecimento de um repertório posterior, ela também participa em projetos com La Chambre Philharmonique (Emmanuel Krivine) e a orquestra Les Siècles (François-Xavier Roth).
Tem a seu crédito muitas gravações, sendo algumas delas para editoras como a Alpha, Aparté, Zig-Zag Territoires, Alia Vox, Decca, Harmonia Mundi, muitos dos quais vencedores de vários prémios da imprensa especializada.